Malgré la passion, le couple finit par se séparer quelque temps plus tard. La vie rythmée et effrénée de Johnny, marquée par ses excès, ne correspondait plus aux aspirations de Nathalie Baye, qui choisit de s’éloigner. Pourtant, la séparation n’a jamais brisé le lien qui les unissait. Restés en bons termes, ils conserveront une complicité faite de tendresse et de respect mutuel.
En janvier 2016, l’actrice aux quatre Césars confiait au Journal Le Cosette combien elle gardait de joyeux souvenirs de ces années avec le « Taulier ». Elle décrivait Johnny comme un homme désarmant, bien loin de l’image publique du rockeur invincible : timide, charmant, drôle et souvent touchant. « On a bien ri ensemble », soulignait-elle alors, comme pour rappeler qu’au-delà des tempêtes, leur histoire fut aussi faite de légèreté et de rires partagés.
Le 31 juillet 2022, Le Journal du Dimanche lui consacrait un long portrait revenant sur ses cinquante ans de carrière et ses grandes histoires sentimentales, de Philippe Léotard à Jean-Louis Borloo, en passant bien sûr par Johnny. Nathalie évoquait notamment une visite rendue à Los Angeles, quelques temps avant la disparition du chanteur.